علیرغم ماندگاری بالای پنیر لیقوان نسبت به سایر انواع لبنیات،در برخی موارد احتمال وجود علائم فاسد شدن پنیر لیقوان وجود دارد که با تغییر رنگ، بو و اکثرا با تغییر
جهت پیشبرد پروسه تولید پنیر لیقوان بعد از مرحله نگهداری در سردخانه های طبیعی، اخرین مرحله قبل از بسته بندی ، مرحله نگهداری در سردخانه ها و بارخانه ها است.